Hydronefrose kan voorbijgaand plaatsvinden zoals tijdens de zwangerschap als gevolg van compressie door de baarmoeder op de urineleiders, maar andere mogelijke oorzaken van hydronefrose zijn:
- Unie van de ureter naar het nierbekken is te hoog;
- Torsie van de ureteropelvische overgang door een verplaatsing van de nier naar beneden;
- Gelokaliseerde stenen in het nierbekken;
- Compressie van de ureter door fibreuze banden, door een slagader of ader met afwijkende locatie of door een tumor;
- Obstructie onder de ureteropelvische overgang of de retrograde stroom van urine uit de blaas, als gevolg van stenen in de urineleider; tumoren van de urineleider of in de buurt;
- Ureterale stenose als gevolg van een aangeboren afwijking, verwonding, infectie, bestralingstherapie of onderzoekende chirurgie;
- Aandoeningen van de spieren of zenuwen van de ureter of blaas;
- Vorming van fibreus weefsel in of rond de ureter als gevolg van chirurgie, bestralingstherapie of medicaties zoals methylsergide;
- Ureterocele (glijd van het onderste uiteinde van een urineleider naar de blaas);
- Kankers van de blaas, baarmoederhals, baarmoeder, prostaat of andere bekkenorganen;
- Ernstige urineweginfectie, die tijdelijk verhindert dat de ureter versmalt.
In het geval van hydronefrose veroorzaakt door zwangerschap, kunnen hormonale veranderingen tijdens de zwangerschap het probleem verergeren door de spiercontracties te verminderen van de urineleiders die normaal de urine naar de blaas verplaatsen, maar dit type hydronefrose eindigt meestal aan het einde van de zwangerschap.